Die Buslinie 3 verbindet den im Norden der Stadt gelegenen Stadtteil Wutzlhofen über die Stadtteile Gallingkofen, Sallern und Reinhausen mit der Innenstadt und führt dann im Stadtsüden durch das Kasernenviertel zur Humboldtstraße und weiter über Oberisling, Leoprechting nach Graß.

Seit September 2011 wird im abendlichen Spätverkehr sowie an Sonn- und Feiertagen ganztätig wechsel-weise neben Wutzlhofen der Sallerner Berg bedient.

Die Linie 3 beginnt an der Haltestelle Wutzlhofen, im nördlichen Ende der Sandgasse gelegen und führt dann über die nach diesem Stadtteil benannten Straße zur Chamer Straße. Dieser folgt die Linie 3 stadteinwärts - die nördliche Bebauungsgrenze der Stadt ist hier erreicht; rechter Hand erblickt man auf das einzige Windkraftwerk der Gegend auf einem Hügel gelegen. In Gallingkofen wird dann die Amberger Straße erreicht.

Fahrten, die am Sallerner Berg starten, bedienen die Haltestellen Im Reichen Winkel, Siebenbürgener Straße und Spessartstraße, bevor in der Amberger Straße der reguläre Linienweg erreicht wird.

Die Amberger Straße führt die Buslinie 3 nicht nur durch den Stadtteil Sallern, sondern im weiteren Verlauf auch mitten in den Stadtteil Reinhausen. Dort folgt die Linie 3 dann der Donaustaufer Straße bis in die Brennesstraße. Hier wird nun das im Juli 2007 neu aufgebaute, wiedereröffnete ALEX-Center passiert - benannt nach seinem Erbauer Alexander Grünwald. An der Haltestelle Nordgaustraße befindet sich in unmittelbarer Nähe das Bürgerbüro Nord und zudem in der Nähe das Landratsamt.

Im Verlauf der Nordgaustraße wird das Donaueinkaufszentrum im Stadtteil Weichs erreicht.

Der nördliche Donauarm wird über die Nibelungenbrücke passiert, bevor die Linie 3 nach rechts Richtung Innenstadt auf den Unteren Wöhrd abbiegt. Hier befindet sich auf dem Gelände des ehemaligen Eisstadions

ein großer Parkplatz und  daneben die Regensburger Jugendherberge. Dem weiteren Verlauf der Wöhrdstraße folgend überquert die Linie 3 dann mit der Eisernen Brücke den südlichen Donauarm mit Blick auf Steinerne Brücke und auf die Altstadt.

Nach der Durchfahrt unter dem Kolpinghaus wird der Dachauplatz mit seinem markanten Parkhaus-

Komplex bedient. Von hier aus ist die Altstadt nur einen Katzensprung entfernt.

Die Linie 3 folgt der D-Martin-Luther-Straße nach Süden, überquert den Ernst-Reuter-Platz und erreicht über die Maximilianstraße die Hst. Albertstraße - Haltepunkt "D".

Hier ist der Umsteigepunkt zu den meisten Stadt- und Regionalbuslinien, außerdem ist hier Umsteigemöglichkeit zum Schienenverkehr - der Hauptbahnhof ist in Greifweite.

Nach der Albertstraße überquert die Buslinie 3 mittels Galgenberger Brücke den östlichen Teil des Regensburger Hauptbahnhofes, um dann sogleich Richtung Osten in die Furtmayrstraße einzubiegen. Dort wird die Haltestelle Galgenberg Brücke erreicht, ihre Umbenennung in Hbf Süd/Arcaden erfolgte zum Dezember 2011. Von hier aus kann man die Regensburg Arcaden und das Cinemaxx bequem ansteuern. Im weiteren Verlauf der Furtmayrstraße wird der Untere kath. Friedhof bedient und an der Antoniuskirche  - mit dem Veranstaltungsort Antoniushaus - biegt die Linie 3 Richtung Süden ab.

Dem Straßenverlauf folgend führt die Linie 3 nun die Hermann-Geib-Straße bzw. den Unterislinger Weg Richtung Humboldtstraße. Diese zweigt vom Unterislinger Weg ab. Die Haltestellen Humboldtstraße und Humboldtstraße Bürgerhaus werden hier bedient, bevor der Bus den Weg zum Unterislinger Weg wieder zurückfährt. An der Haltestelle Bürgerhaus erreicht die Linie 3 übrigens ein im Sommer 2007 eröffnetes Stadtteil-Zentrum mit Kiosk, Café und Veranstaltungsräumen.

Der Unterislinger Weg führt die Linie 3 nach Überquerung der Bundesautobahn A3 zu den Gemeinden im Stadtsüden. Bevor die Linie 3 über die Rauberstraße nach Oberisling fährt, wird noch das vom Papstbesuch im September 2006 bekannte Gelände, die sog. Papstwiese passiert.

Über die Stadtteile Oberisling und Leoprechting führt die Fahrt südlich des Uniklinikums zum Stadtteil Graß,
der Endstation der Linie 3. Hier hat auch die Linie 2 ihren Start- bzw. Endpunkt.
 

Bedient wird die Linie 3 überwiegend von Standardbussen der Regensburger Verkehrsbetriebe, seit Ende 2007 gelangen auch desöfteren Gelenkbusse zum Einsatz. Zunächst für zwei Jahre befristet wird seit Herbst 2011 ein Kurs von der Firma Söllner mit Standardbussen bedient. Hier wird wochentags ein 20-Minuten-Takt angeboten, in den Abendstunden ein Halbstundentakt - wobei Graß nur stündlich bedient wird.

In den Morgenstunden wird (außer in den Sommerferien) zwischen Albertstraße und Humboldtstraße

auf einen 10-Minuten-Takt verdichtet. Interessant ist dabei die Fahrt, die um 7.22 Uhr an der Humboldtstraße beginnt - die führt an Schultagen ab der Albertstraße über Dachauplatz, Fischmarkt und Arnulfsplatz die Prüfeninger Straße Richtung Westen bis zur Lilienthalstraße. Hiermit werden die Schulen im Westen,

wie z.B. Judenstein-Schule (Arnulfsplatz), Goethegymasium (Goethestraße) und

Berufschule (Lilienthalstraße) direkt ohne Umsteigen angefahren.

Sonntags verkehren die Busse im 30-Minuten Takt (von den frühen Morgenstunden abgesehen - hier ist nur eine stündliche Bedienung vorgesehen).

Einmalig ist der Einsatz eines Gelenkbusses auf dem Abschnitt von der Alfons-Auer-Straße zur Albertstraße an Schultagen: Gegen 15.55 Uhr - vor der planmäßigen Fahrt der Linie 3 - sorgt ein Gelenkbus der RVB für eine zusätzliche Fahrtmöglichkeit der Schüler von der Kerschensteiner Berufschule und damit für Entlastung im planmäßigen Bus der Linie 3.